大学以外の学校（幼稚園、小学校、中学校、義務教育学校、高等学校、中等教育学校、特別支援学校、高等専門学校）には学校薬剤師の設置が義務付けられています。（学校保健安全法第23条）また、認定こども園も同法が準用され、学校薬剤師を置かなければなりません。

学校薬剤師は、昭和5年（1930年）北海道の小学校で、小学生がアスピリンと昇こう（水銀製剤で当時は消毒等に使用していた）を間違って飲んで死亡した事故をきっかけに薬の専門家を学校に配置する必要性が叫ばれ、誕生しました。
学校環境衛生検査、健康相談、保健指導、薬物乱用防止の啓発、くすりの正しい使い方の講義等を通して、児童生徒の安全管理を行っています。